Los hoteles boutique en San Miguel de Allende ocupan antiguas casonas coloniales restauradas, con jardines interiores, spa y restaurantes. La mayoría se ubica en el centro histórico, a poca distancia de la Parroquia de San Miguel Arcángel. Los precios varían desde tarifas medias hasta lujo, con opciones que incluyen desayuno y estacionamiento.
Entre los más destacados se encuentra Casa de Sierra Nevada, un Belmond Hotel con puntuación 94, repartido en seis mansiones coloniales con spa, temazcal y escuela de cocina. Hacienda El Santuario ofrece habitaciones espaciosas con decoración colonial y desayuno continental incluido, con una calificación de 84. Casa Mision de San Miguel alcanza un 92 y destaca por su ambiente tranquilo, jardines, desayuno completo y estacionamiento gratuito. Todos ofrecen WiFi gratuito y servicios de spa.