San Juan del Río ofrece opciones de hospedaje económico con calificaciones de 67 a 87 sobre 100. Los hoteles baratos en esta ciudad suelen incluir estacionamiento gratuito, WiFi sin costo y habitaciones con aire acondicionado. Algunos cuentan con alberca al aire libre, jardín y restaurante. Los precios son accesibles para viajeros con presupuesto ajustado, y la mayoría están cerca de la carretera principal, facilitando el acceso a Querétaro y Bernal.
Entre los mejor valorados destaca Cortijo 7, un bed and breakfast recién remodelado con puntuación excelente (87), alberca, jardín y restaurante de cocina mexicana. También Hotel Victoria Inn (80) ofrece restaurante, bar y centro de negocios, ideal para viajeros de trabajo. Para quienes buscan alberca, Hotel O Puente (67) tiene una al aire libre y salón compartido. Motel Pedregal Suites (68) es una opción sencilla con servicio a la habitación. Se recomienda reservar con anticipación para obtener mejores tarifas.