Los hoteles boutique en San José del Cabo ofrecen una alternativa a los grandes resorts, con un enfoque en diseño, arte y experiencias personalizadas. En el centro histórico, cerca de la plaza Mijares y la misión jesuita, se concentran propiedades como Casa Natalia Boutique Hotel (exclusivo para adultos), que cuenta con alberca climatizada, servicio de spa en la habitación y el restaurante Mi Cocina, donde se fusionan sabores mexicanos y europeos. Este tipo de alojamiento es ideal para parejas que buscan cercanía a galerías de arte y restaurantes a pie.
En la zona del corredor turístico, con vista al mar de Cortés, se ubican opciones con más infraestructura. Hotel El Ganzo (solo adultos) integra un club de playa privado, alberca en la azotea, spa y un programa cultural con residencias para artistas; sus 69 habitaciones están orientadas a viajeros interesados en música en vivo y arte contemporáneo. Por otro lado, Hyatt Place Los Cabos y Cabo Azul, A Hilton Vacation Club ofrecen amenidades como albercas al aire libre, estacionamiento privado y habitaciones familiares. Los presupuestos oscilan entre tarifas medias para estancias de negocios y rangos más altos en suites con cocina equipada. Para quien viaja con niños, los resorts con club de playa y restaurantes en el sitio son la opción práctica, mientras que las propiedades céntricas facilitan recorrer el barrio histórico sin necesidad de auto.