En el corazón de Mérida, los hoteles boutique ocupan antiguas casonas coloniales restauradas, muchas con patios interiores, piscinas al aire libre y una atmósfera íntima. Estos alojamientos suelen ofrecer servicios como restaurante de cocina regional, spa, bar de vinos o tequila, y habitaciones con techos altos y pisos de madera. Los precios van desde presupuestos medios hasta gama alta, con tarifas que parten de los $100 USD por noche, ideales para parejas, viajeros solo adultos o familias que buscan una experiencia auténtica en el centro histórico.
Entre las opciones mejor valoradas se encuentran Casa Lecanda (92/100, solo adultos, con bar de vinos y tequila), Hotel Boutique Casa San Angel (90/100, también solo adultos, hogar del matemático Graciano Ricalde), y Rosas & Xocolate (83/100, miembro de Design Hotels, con spa de chocolate y Moon Lounge en terraza). También destacan Casa Lucia Hotel Boutique (familiar, a 5 minutos de la catedral), Hotel Hacienda Mérida (de 1840, con spa y piscina) y Hotel Casa Nova (céntrico y con excelente desayuno). Todos están cerca de la Plaza Grande, Paseo de Montejo y el mercado de artesanías.