Isla Holbox concentra su oferta de hoteles boutique en dos zonas: el centro, alrededor de la plaza principal, y el tramo de playa que se extiende hacia el este. En el centro, el Hotel Arena ocupa un edificio frente a la plaza, a 100 metros de la arena, dentro de la Reserva Natural Yum Balam. Sus habitaciones cuentan con aire acondicionado, balcón y minibar; las suites incorporan kitchenette y vistas al parque. La tarifa media ronda los 120-180 USD por noche según temporada, con desayuno opcional. Esta ubicación conviene a quienes quieren moverse a pie entre restaurantes, tiendas y el muelle de ferris.
Sobre la playa, el Hotel Villas Flamingos ofrece acceso privado, piscina al aire libre, jardines y un restaurante familiar de cocina mexicana. Sus habitaciones incluyen aire acondicionado, balcón y baño privado; el hotel proporciona bicicletas gratuitas y servicio de traslado al aeropuerto. Casa Takywara, también frente al mar, dispone de terraza con vistas, bañera de hidromasaje y un programa de yoga. Los huéspedes pueden contratar tours de snorkel con tiburón ballena desde la playa. Todos los hoteles mencionados ofrecen WiFi gratuito, y algunos incluyen desayuno completo con opciones veganas. Para llegar, hay que tomar un ferry desde Chiquilá que cruza la laguna Yalahau en 20 minutos.