Los hoteles en el mar de Isla Holbox ofrecen acceso directo a la playa y vistas al Caribe. La isla, libre de automóviles, concentra estos alojamientos a lo largo de la costa, cerca del pueblo. Los precios varían desde opciones económicas (alrededor de $80 por noche) hasta boutiques de lujo que superan los $300. La mayoría incluye piscina al aire libre, restaurante, desayuno y servicios como kayak o snorkel. Se recomienda reservar con anticipación, especialmente en temporada alta.
Entre los mejor calificados están Ser Casasandra Boutique Hotel (94/100) con spa y playa privada; Villas HM Paraiso del Mar (87/100) con buffet continental frente a la playa; y Casa Las Tortugas Petit Beach Hotel & Spa (96/100) con habitaciones estilo cabaña y tres restaurantes. Para adultos, Casa Punta Coco & Beach Club (90/100) ofrece ambiente tranquilo, mientras Aldea Kuká, Luxury Eco Boutique Hotel (85/100) combina lujo y sostenibilidad. Hoteles como Hotel Villas Flamingos (90/100) y Hotel Las Nubes Holbox (84/100) son ideales para familias, con dos piscinas y desayuno incluido.